Pour assurer ses missions, l’AHS-FC, dont les établissements peuvent relever de compétences exclusives, mixtes ou conjointes, travaille avec l’Agence Régionale de Santé Bourgogne Franche-Comté (ARS BFC), les Conseils Départementaux, la Protection Judiciaire de la Jeunesse et les services extérieurs de l’État.
Pour consolider ses missions et les adapter, l’Association est engagée dans une démarche de contractualisation pluriannuelle d’objectifs et de moyens (CPOM) avec les Autorités de Tarification et de Contrôle.
Cette contractualisation permet de définir un cadre de référence et d’action pérenne dans le territoire franc-comtois à travers notamment les contrats suivants :
Parallèlement, les conventions avec l’Éducation Nationale confortent un partenariat historique pour la scolarisation des enfants dans des Unités d’Enseignement au sein des Instituts Médico Éducatifs de l’Association et en classes maternelles et élémentaires pour enfants autistes.