C'est en participant à l'effort de guerre en 1916 dans le cadre d'une action de santé publique visant la lutte contre la tuberculose que l'actuelle Association d'Hygiène Sociale de Franche-Comté a engagé sa première mission.
Fondée en 1918 sous le nom d'Office d'Hygiène Sociale et de Préservation antituberculeuse du Doubs, l'Association est Reconnue d'Utilité Publique depuis le 23 juillet 1921.
En 1942, la commission administrative départementale passe convention avec l'office d'hygiène sociale pour qu'il gère un service de prophylaxie des maladies mentales. Un service prendra en compte des consultations à la prison de Besançon.
A partir de 1954, l'Association diversifie ses activités avec la création d'une pouponnière, d'une « maison d'enfants pour handicapés » et la création d'un « placement familial ».
En 1958, les statuts de l'Association évoluent et stipulent que son but « ... est de concourir ... à la lutte contre la tuberculose, les maladies vénériennes et mentales, à la protection maternelle et infantile et ... de combattre les fléaux sociaux et notamment l'alcoolisme ».
Au cours des années 60, l'Association ouvre deux externats, un à Besançon, l'autre à Montbéliard qui deviendront l'IMP l'Esperel et l'IME l'Essor. Elle ouvre à Rougement l'IME l'Envol.
Les années 70 marqueront pour l'Association sa véritable expansion en matière médico sociale avec la création d'un centre de formation d'Aides Médico Psychologiques, la mise en adéquation des établissements et services au regard de la loi d'orientation en faveur des personnes handicapées et la création d'une « Maison d'Enfants à Caractère Social ».
La fin de siècle permettra à l'Association d'étendre ses compétences sur un large territoire rural, à proximité des familles concernées par le handicap, avec les transformations nécessaires des bâtiments et des services ainsi que la création de dispositif innovant tel que celui de « Vivre en Ville » pour répondre à l'accompagnement social des personnes « malades mentales ».
En 2000, pour répondre aux besoins d'accueil de réfugiés, l'Association s'investit dans la mise en œuvre d'un dispositif d'accueil et d'hébergement.
La loi 2002-2 est promulguée : « Elle place l'usager au centre et au coeur de l'action sociale ». L'ensemble des décrets d'application nécessite une profonde restructuration des établissements et du siège social. La même année, la Fédération des Ouvres Laïques cède son activité de gestionnaire de l'IME de Montfort à l'Association.
La fin des années 2000 verra la création d'un ESAT pour personnes handicapées psychiques à Villersexel et la fusion avec l'Association Saint-Joseph, confortant ainsi sa volonté de répondre aux besoins de prise en charge des enfants et adolescents en difficulté familiale et/ou sociale.
En 2008, l'Association refonde une nouvelle fois ses statuts pour devenir l'Association d'Hygiène Sociale de Franche-Comté : Elle a pour but, sur toute l'étendue de la Région de Franche Comté, d'être à l'écoute et de venir en aide à des personnes en difficulté du fait :
Elle crée une Entreprise Adaptée, « La Cuisine de Villersexel ».
En 2011, l'agrément du siège de l'AHS-FC est renouvelé.
Le projet associatif détermine les 3 missions principales de l'association :